本发明涉及医学影像处理技术，公开了基于多模态图编码的传染病风险评估方法和系统，基于多模态图编码的传染病风险评估方法，应用于PACS系统中，其方法包括：对于输入的影像数据进行影像特征的提取，依据影像特征确定影像样本类别；将文本特征与影像特征拼接，降维并通过两层图神经网络输出获得拼接图编码，拼接图编码输入至kmeans聚类模型中，确定检查样本的类别；聚类后，将各类别当日新增样本数输入至预警模型从而确定其置信度；将获得的置信度与设置的阈值比较，从而确定其风险系数。本发明采用图神经网络来转换单纯的模式识别特征为图编码，强调了相似样本间的联系，使得kmeans聚类的效果更准确，进而对风险的评估也更敏感。