本发明公开了一种底栖鱼类生长表型高效测量方法及装置。所述装置包括通过支架安装在养殖池上方的摄像机，密封摄像机的密封舱，用来滤除反光的偏振镜片，与摄像机相连的服务器，与服务器相连的人机交互模块。测量方法包括：安装装置，根据已知尺寸的标定板计算测得实际视野范围比例，采集养殖池图像，利用深度学习模型提取图像中底栖鱼类的轮廓，计算鱼类全长和体重、全长体重均值，并在显示器上进行实时显示。所述装置和方法可用于长度大于5 cm的底栖鱼类的全长测量，基于深度学习算法，实现全天候无接触的实时测量，并自动绘制全长均值增长曲线，同时根据全长估算出体重。