本发明公开了变电站无人机自动巡检系统及其运行方法，包括智能检测模块和终端反馈模块，其特征在于：所述智能检测模块用于采集检测目标图像以及对检测目标磨损度的分析，所述终端反馈模块用于对无人机检测算力的调节以及数据的传输，所述终端反馈模块与智能检测模块电连接，所述智能检测模块包括定时巡检模块、定点飞行模块、图像采集单元、位置度检测模块和磨损度检测模块，所述定时巡检单元用于定时启动无人机进行巡检，所述定点飞行模块用于控制无人机按照预设点位进行飞行，所述图像采集单元用于采集检测目标图像，所述位置度检测模块用于检测并分析检测目标的位置偏移量，本发明，具有实用性强和可控制无人机检测算力的特点。