本发明公开了一种基于电镜的颗粒分类计数方法，其分类计数方法包括以下步骤：A、获取所有要测量帧图位置，并判断是否已完成所有帧处理；B、是，则直接结束，否，则控制电镜移动样品台到指定位置；C、拍摄BSE图，并根据设定或自动计算获得BSE图的背景灰度范围。本发明设定几个不同灰阶，这些灰阶覆盖常见的要分析物质的灰度，这样在去掉背景后，根据这些灰阶对颗粒进行二次提取合成，从而避免了不同灰度颗粒粘连一起被识别成一个颗粒的情况，使得最终的颗粒分析结果准确性大为提高，且对整体测量速度没有太大影响，但对于提高结果的准确性有很大的效果，并能快速进行分类和计数。