本发明公开了一种与棉籽蛋白复合饲用替代鱼粉的海带多糖的复合酶解制备方法及其应用。本发明通过固态发酵手段预处理原料，褐藻胶裂解酶与甘露聚糖酶复合酶解，实现降低海带底物粘度，增加反应底物浓度，极大的提高了酶解速率，用环保、高效的工艺手段生产分子量低、可溶性好的具有促进生长功效的海带多糖。海带多糖与棉籽蛋白复合饲喂对虾的优点在于，海带多糖可以提高肠道对营养物质的消化吸收能力，降低植物源蛋白饲料的不良影响，可以提高对虾的存活率，具有良好的促生长效果，最终实现与棉籽蛋白等植物蛋白复合使用代替鱼粉的功效，进而降低饲养成本。