本申请提供了一种基于影像组学的病灶分析方法、装置、设备及存储介质。其中方法包括：根据原始CT图像序列集，获取病灶区域序列集；根据原始CT图像序列集和病灶区域序列集，生成三维病灶矩阵，并获取三维病灶矩阵的影像组学特征；对三维病灶矩阵的影像组学特征进行筛选，得到目标影像组学特征；根据目标影像组学特征，对三维病灶矩阵进行分割，得到多个三维病灶子矩阵，并获取每个三维病灶子矩阵的影像组学特征；根据每个三维病灶子矩阵的影像组学特征与三维病灶矩阵的影像组学特征，确定目标三维病灶子矩阵，将目标三维病灶子矩阵对应的三维病灶子区域确定为目标区域。本申请实现从病灶中找出真正具有影响价值的局部区域，为影像诊断提供条件。