本发明公开了一种快速识别内陆河流鱼类群落适宜栖息地的模型构建方法，包括：(1)对目标河流的鱼类资源和栖息地生境情况进行调查，确定栖息地的生境特征、范围和不同体长组鱼类分布；(2)获取空间上连续分布的河流高程、坡度，水深，流速和流量等生境因子数据；(3)构建每种关键生境因子的单因子适宜度曲线；(4)在单因子适宜度曲线的基础上，构建鱼类栖息地适宜度综合模型；(5)利用鱼类栖息地适宜度综合模型计算研究区鱼类栖息地适宜度，并对适宜度进行分级。本发明在鱼类声学探测的基础上，综合使用三维水动力学和遥感技术的生境定量化测量方法，可在对水生生物不产生扰动的情况下，实现大面积、快速识别和定量化的鱼类‑生境关系分析的需求。