本发明公开了新能源汽车空调系统及其控制方法，其技术方案要点是：包括出风包裹件和出风风道，所述空调系统的风通过出风风道送到车内；在所述出风风道内设置有至少一个分隔件，所述分隔件将所述出风风道分割成至少两个流道，所述分隔件的进风一端设置有一个可活动地分流系统控制所述流道入风面积，可以将空调出风分成多个可调节的风区，能够根据使用者的感受和需要进行单独控制，能够增加使用者的舒适程度，相对于现有技术，其避免了对人体某一个部位长时间固定第吹，能够实现风区单独控制，对使用者需要的部位进行吹，提高使用舒适度。