本发明公开了一种系统增量同步方法、装置、存储介质及电子设备，根据预设增量更新生成器软件分别响应注册表过滤驱动对注册表变化的监控操作以及文件过滤驱动对文件变化的监控操作；当所述注册表过滤驱动和所述文件过滤驱动停止响应，则将对应得到的所述注册表变化对应的变动项和所述文件变化对应的变动项存储在对应列表中；在所述预设增量更新生成器软件中响应对所述列表中包含的所述注册表变动项和所述文件变动项的过滤操作；根据过滤结果确定使用中虚拟桌面对应的可执行文件并将所述可执行文件上传到服务器中。该方法不需要开发人员编写程序，操作简单且同步数据量小，不仅支持文件数据的同步，同时还支持系统设置和软件设置同步。