本发明公开了一种固定于特制玻片上的光交联分子探针及其制备方法、应用，涉及中药活性成分筛选相关的技术领域。所述的光交联分子探针以三氟甲基苯基双吖丙啶作为光交联基团，通过含氧直链连接桥固定于氨基载玻片，在365nm紫外光照射下可与多种中药小分子结合构建光交联分子探针。本发明的光交联基团与载体间的距离通过含氧直链连接桥得以延长，增加了活性小分子与靶蛋白特异性结合的机率，活性小分子通过光亲和连接链固定于特制载体上，方便实现对“钓取”的靶标蛋白进一步的确证分析。本发明以非选择性的方式进行光交联反应，适用于成分复杂多样的中药及复方体系，应用于中药活性成分筛选领域，具有通量高、速度快、时效性强、易于实现的优点。