本发明公开了一种基于云桌面的多窗口虚拟应用方法及装置，通过在云桌面内对应用进程的所有窗口都单独截图，对每个窗口单独建立与客户端的传输通道，进行画面传输，虚拟应用客户端支持多窗口渲染，对每个通道的画面进行渲染的方式，达到可以实现基于云桌面的多窗口虚拟应用的效果，具体可以支持多窗口虚拟应用的所有窗口同时显示，使用户使用虚拟应用更加像本地应用，多窗口联动体验流畅。