本发明公开了一种蓝宝石晶棒的加工系统，包括：标记机构，用于对所述蓝宝石晶棒进行切割标记；开槽机构，包括设于平面磨床上的工作台、设于所述工作台上的夹持组件，所述夹持组件用于夹持所述蓝宝石晶棒，所述平面磨床上还设有加工磨具，所述加工磨具正对所述夹持组件设置，以通过所述加工磨具沿所述切割标记对所述蓝宝石晶棒进行开槽；倒角机构，包括吸盘座、设于所述吸盘座下用于驱动所述吸盘座转动的驱动机构，所述吸盘座用于承载经开槽切片后的蓝宝石晶棒，所述倒角机构还包括设于所述吸盘座侧边的倒角磨具，以对所述经开槽切片后的蓝宝石晶棒进行倒角。本发明中的蓝宝石晶棒加工系统解决了现有技术中在进行蓝宝石晶片开槽时效率低下的问题。