本发明公开了一种肥胖基因检测评估系统及数据处理方法，属于基因检测评估技术领域，技术方案包括：通过信息获取模块收集个人基础信息、基因检测数据，将个人基础信息、基因检测数据分别传送至个人数据库进行储存、基因检测数据数据库进行数据交换，获取对应的一个或多个检测结果，基因评估模块将一个或多个检测结果输入预设分析模型，与基因风险分析数据库进行数据交互，并输出对应的评估结果，报告生成模块判断个人基础信息，综合分析判断其是否有肥胖发生的风险，若有肥胖发生的风险，则依照分析结果产生一份专属的个人评估报告，将个人评估报告传输至医护人员的移动终端，以快速又详细的方式方便使用者提出有效的对策，以降低肥胖的发生率。