一种车辆充电费用的自动扣除系统和方法，涉及车辆充电管理技术领域，包括：数据获取模块、车辆数据分析模块、充电管理模块和费用支付模块，通过数据获取模块进行数据获取，车辆数据分析模块对数据获取模块获取的数据进分析确认，充电管理模块在车辆停放充电时，引导车辆一次性停放到位，在充电完成后，在车辆数据分析模块确认车辆、驾驶员和车辆ETC设备为同一驾驶员时，费用支付模块自动采用车辆ETC设备进行费用结算，解决了目前新能源车辆在进行充电的过程存在的辆停放时不能一次性停放到位，导致需要多次操作，使将车辆能停放至充电枪的工作区域和充电结算的方式多为二维码支付方式，结算方式单一且需要多次操作的问题。