一种堆肥产品中抗性基因环境健康风险的评估方法，所述的方法包括：采集堆肥鲜样和土壤样品，提取堆肥与土壤水溶性有机质，将携带抗性基因质粒与水溶性有机质混合，随后加入感受态E.coliDH5α混匀，培养一段时间后再在含有AMP抗生素的固体培养基与一般固体培养基上稀释涂布，培养后，取平板并计数，根据计数结果计算抗性基因转移频率；再根据堆肥与土壤样品的转移频率计算抗性基因环境风险阈值，用于评估堆肥中抗性基因环境健康风险。本发明从抗性基因水平转移的全新角度来评估堆肥产品中抗性基因的环境健康风险，相较于传统的直接检测抗性基因丰度，本发明的评估方法更精准，为堆肥产品风险评估提供了有力支撑。