本发明提供了一种基于转录组图谱的组合药物生成方法、系统及存储介质，其方法包括步骤：获取与目标疾病调控相关的若干个异常通路；根据药物小分子的转录图谱特征，筛选出对所述异常通路具有反向调节效应的若干个药物小分子；分别计算各个所述药物小分子相对于各个所述异常通路的总体反向调节效应，获得各个所述药物小分子相对于所述目标疾病的反向调控分数；根据所述反向调控分数，对各个所述药物小分子进行组合，获得组合药物。本发明可以针对复杂疾病及复杂的生物学过程，获取能够进行组合调控的组合药物，以提高调控效果。