本发明公开了一种石斛深加工去根分离机，包括机壳，所述机壳的内部通过若干组支架固定有输送机，所述输送机倾斜向外设置，包括主动轮、从动轮和运输带，所述运输带的表面等距焊接有若干组第一连接座，所述第一连接座上并排设置有六组抓钩，所述输送机的一侧接近顶部的位置安装有切割器，所述切割器外侧设置有菱形边框，所述菱形边框包括四组外铰接部。本发明所述的一种石斛深加工去根分离机，设计切割器，根据石斛的单根多茎形状特征设计为菱形结构，可以让石斛的根部停留在刀面上，而所有的茎部进入切割孔，便于统一的批量化的机械切割，切割器的运动由推杆控制，简单高效，适用不同工作状况，带来更好的使用前景。