本发明公开了一种非均匀直角网格自动生成方法及系统，所述方法包括：对输入的三维几何模型进行划分生成面网格；确定所述三维几何模型中尺寸小于预设值的几何部件和/或属于反映流场特征的区域；通过所述面网格的坐标系确定所述几何部件的坐标点信息和尺寸参数，确定所述几何部件的位置；根据所述坐标点信息，基于定义的拉伸比例生成非均匀母体网格作为初始网格；根据预先设置的加密策略，基于叉树结构对初始网格进行非均匀网格加密，生成非均匀直角网格。