本发明公开了一种微口径容器内壁批量清洗装置及清洗方法。该微口径容器内壁批量清洗装置包括负压罐、抽真空装置、压力检测元件、放气阀以及支撑隔板。其中，负压罐包括罐体和设置于罐体上的盖体，罐体的顶部设置有开口，盖体可开闭地设置于开口处；抽真空装置通过连接管与负压罐连通以用于对负压罐进行抽真空处理；压力检测元件用于对负压罐内的压力进行检测；放气阀设置于盖体；支撑隔板可拆卸地安装在负压罐内，支撑隔板上设置有多个定位孔，定位孔用于对微口径容器进行定位和支撑。本发明的微口径容器内壁批量清洗装置及清洗方法可以实现一次性清洗多只微口径容器内壁，提高生产效率。