本发明提供了一种雷达距离模糊杂波分离方法及系统，涉及雷达杂波处理技术领域，包括：步骤S1：根据实际情况，对多通道雷达的发射信号进行方位脉冲编码调制；步骤S2：对相邻帧采用不同相位因子的方位脉冲编码调制，其调制因子由理论计算得到；步骤S3：通过在接收端进行方位脉冲编码的解调，得到相邻两帧的接收回波信号；步骤S4：联合相邻帧的处理结果，对方位脉冲编码的检测盲区进行补偿。本发明能够实现对多通道雷达距离模糊杂波的有效分离，且克服了现有采用方位脉冲编码方法存在重复检测盲区的不足。