本发明属于电磁吸波与高分子材料加工领域，具体为一种PEEK基复合吸波3D打印丝材及其制备方法，制备该丝材所包含各组分原材料按重量配比为：聚醚醚酮树脂粉末10‑40份、改性包覆吸收剂60‑90份、润滑剂0.5‑2份、偶联剂0.5‑1份。本发明选用吸波性能优异的羰基铁粉与铁氧体作为吸收剂，但由于吸收剂微粒较小，比表面积比较大，粒子间的相互作用力较大，微粒很容易团聚，并且吸收剂与聚醚醚酮树脂熔融加工过程中两者之间的相容性也较差，从而影响复合材料各项性能。所以本发明在制备复合材料之前对吸收剂采用偶联剂改性、物理包覆改性两种改性技术相结合的方法，有效改善了吸收剂在PEEK树脂基体中的分散性与相容性。