本发明公开了一种在线式全膜法高纯水智能控制系统及其方法，属于水处理技术领域，包括：前处理系统，用于对原水进行过滤处理并降低原水中的SDI值；反渗透膜处理系统，与前处理系统相连接，用于对前处理系统中的水预脱盐并脱去水中的气体；电化去离子处理系统，与反渗透膜处理系统相连接，用于通过高电压使水中带电离子移动，并利用离子交换树脂及选择性树脂膜加速离子移动去除使水纯化；该在线式全膜法高纯水智能控制系统及其方法,大幅提高了系统的响应速度和控制精度，有效地解决了反渗透设备在过滤水源过程中遇到的主要异常工况，降低了设备运行能耗，为操作人员提供了更具智能化的操作侧式，具备较好的实际应用价值和市场应用前景。