一种探针混合比例设计方法及混合探针集与测序文库构建方法，探针混合比例设计方法包括：预估步骤，包括提供探针集，根据每种探针集的芯片大小，以及测序深度要求，对探针集的混合比例进行预估；预测序步骤，包括根据预估的混合比例，设置预混比例，将探针集按照预混比例混合，得到预混探针，将预混探针与子文库杂交，进行预测序，获得符合预期的探针混合比例。本发明可以根据产品需求，分别设计多个不同目标区域的探针，可根据测序深度需求进行混合探针配制，从而达到针对不同目标区域同时进行不同测序深度检测的目的，成本低；亦可根据产品目标的变化进行探针配比的调整，或进行不同探针组合方式的检测，灵活性高。