本发明公开了一种甲磺酸艾日布林关键中间体异构体的纯化方法，所述的纯化方法包括：1)将富集得到的含甲磺酸艾日布林关键中间体异构体混合物以体积比0.3‑1:1溶于极性溶剂中，得到预处理母液；2)将步骤1)中的预处理母液加入到硅胶层析柱上，以洗脱剂进行洗脱，流速控制在50～300mL/min，洗脱液以液相色谱、紫外分光光度计定性分析，收集高含量甲磺酸艾日布林关键中间体异构体洗脱液；所述洗脱剂为至少一种非极性溶剂和至少一种极性溶剂的混合液；3)将步骤2)中得到含甲磺酸艾日布林关键中间体异构体洗脱液经旋转蒸发仪浓缩回收即得高含量精制甲磺酸艾日布林关键中间体异构体。该方法可以得到纯度较高的异构体，纯度可以满足结构鉴定、杂质谱研究、方法学验证的要求，并且规避了使用液相制备获得，降低了成本。