本发明属于图像裁剪领域，提供了一种用于图像及其像素级分割标注数据的裁剪方法及系统。该方法包括，获取原始图像，并将原始图像转换为图像数据矩阵；根据设定的像素对图像数据矩阵进行裁剪，得到裁剪后的图像；获取原始图像对应的标注文件，并将标注文件转换为标注数据矩阵；对标注数据矩阵进行裁剪，得到裁剪后的标注数据矩阵，并且保持与图像相同大小的方式裁剪，以使裁剪后的图像与裁剪后的标注文件一一对应；针对裁剪后的标注数据矩阵，按照标注类型一一确定标注边界坐标，并保存到对应的标注文件。