本发明公开了糖基转移酶‑双金属有机框架复合催化材料及其制备方法和在二糖和多糖合成中的应用，所述复合催化材料以Zn基MOFs材料作为主体，并掺杂非Zn金属离子，将糖基转移酶包裹在其内部形成。本发明复合催化材料以掺杂了双金属离子的金属有机框架作为一种新型的固定化酶材料，将糖基转移酶包裹在其内部、本发明制备得到糖基转移酶‑双金属有机框架复合催化材料，将其加入糖基供体和糖基受体中，催化糖基化反应得到肝素二糖及多糖。本发明复合催化材料能够高效催化单糖的糖基化反应，不仅具有良好的热稳定性和化学稳定性，还能相比较普通的金属有机框架材料提高固定化酶的酶促反应速率，并可以实现多次回收利用同时保持较高的催化活性。