本申请适用于医疗技术领域，提供一种经颅磁刺激导航方法、系统及计算机设备，减少经颅磁刺激技术进行临床治疗流程的复杂度，减轻患者进行临床治疗的经济负担。本申请的方法主要包括：选定预设的标准头模型头皮上中X个虚拟特征点，对应在患者头部的头皮采集X个实际特征点；将X个实际特征点映射到标准头模型中对应的虚拟特征点，建立初步映射关系；根据初步映射关系计算患者头部与标准头模型的全局映射关系；接收对标准头模型的一个指定拾取点，得到一个刺激靶点；根据全局映射关系将刺激靶点在标准头模型的坐标转化为导航坐标；将导航坐标发送给磁刺激执行机构，以使得磁刺激执行机构按照导航坐标对患者头部执行磁刺激。