本发明涉及一种利用玉米秸秆制备精制木糖及可发酵糖的系统，包括通过中间管道相连通的预混罐、碱处理罐、酸解罐、酶解罐、中和罐、脱色罐、脱色后罐、离子交换装置、离交后罐、蒸发器、结晶罐以及设置在各中间管道上的多个输料泵和多个阀门，还设置第一离心机、第二离心机和第三离心机。所述系统还配套有浓碱罐、浓酸罐依次连接碱处理罐和酸解罐，脱色罐连接有配炭罐用以溶解活性炭。本发明还公开一种使用该系统进行利用玉米秸秆制备精制木糖及可发酵糖的方法。本发明稀碱和稀酸处理均是一步到位，不需要多级处理，简化工序，具有工艺简单，节约成本等特点。