本发明涉及高温灭菌设备技术领域，具体是涉及一种节水降耗的脉动真空压力蒸汽灭菌器，包括壳体、灭菌室、泵进水管路、灭菌室进蒸汽管路、灭菌室进空气管路、抽真空管路和安全系统；壳体内部还设置有与灭菌室连通的排蒸汽管路，排蒸汽管路包括真空泵、换热器以及盛放水箱。其通过真空泵抽取灭菌室内部的高温蒸汽，之后通过水泵将冷却液传输至第二连接管道并将其传输至真空泵的输入端使部分冷却液与蒸汽一并传输进真空泵内部，防止真空泵受伤并且进行初步降温，之后通过换热器由第一出水口、水泵以及第一连接通道传输的冷却液体进行二次降温，并将其传输至降温组件中，通过物理方式冷却液进行降温，并且传输至盛放水箱中。