本发明公开了一种水下高光谱推扫图像几何校正的方法，首先利用水下可见光相机与水下高光谱相机在水下推扫模式下采集数据，得到可见光图像和连续推扫高光谱图像；在水下机器人探测过程中，利用USBL超短基线获得所述水下机器人的实时定位数据，并记录可见光图像的每一帧图像获取时的时间和USBL定位数据；在数据采集完成后，结合激光测距数据和USBL定位数据对所采集的可见光图像进行拼接和校正，得到正射影像，并将拼接校正后的正射影像作为参考图像；利用参考图像使用有限元离散划分配准方法对连续推扫高光谱图像进行几何校正。该方法相比于传统整体图像的校正效率更高，图像校正视觉效果更好，也更加贴近目标的真实形貌。