本公开提供了一种核酸分子结构筛选方法及装置、计算机设备。方法包括：获取核酸分子参数，所述核酸分子参数包括：核酸分子序列、核酸分子序列的长度、核酸分子的化学修饰、以及基于量子力学和分子动力学的计算模拟得到的多个待筛选核酸分子构型及对应的能量和实验数据；在核酸库中搜索所述多个待筛选核酸分子构型中每个核酸分子构型的相似核酸分子结构；基于所述相似核酸分子结构的稳定性、所述多个待筛选核酸分子构型对应的能量和实验数据，进行所述多个待筛选核酸分子构型概率分布计算；根据所述多个待筛选核酸分子构型概率分布，筛选所述多个待筛选核酸分子构型中稳定性符合条件的至少一个核酸分子构型。