本申请提供一种基于群体智能优化模型的分子结构预测方法及相关设备。该方法包括：获取作用于疾病靶标的待预测化合物集中每个待预测化合物对应的第一分子描述符集；基于每个第一分子描述符集得到对应的第一取值信息集，将全部第一取值信息集作为第一数据信息集；将第一数据信息集输入预先构建的群体智能优化模型进行处理，输出待预测化合物集对应的分子结构信息，其中，群体智能优化模型基于预先构建的构效关系模型和经过预训练分类预测模型进行构建。能够使其在具备良好的生物活性的同时能够符合药代动力学性质和安全性要求，符合作为候选药物的化合物的条件。