本发明涉及船体维护技术领域，特别涉及一种船体表面海生物清理系统及其清理方法。其包括冲刷装置，及清理装置，冲刷装置包括将浸入海水中的船体进行包覆后与船体可拆卸连接的保护壳体，保护壳体与船体之间设置有空腔，空腔内填充有淡化水，在保护壳体上还设置有出水孔，清理装置包括刮除组件，升降组件，及运行组件，升降组件、运行组件均设置有两组，分别设于船体两侧；清理系统还包括控制器，厚度传感器，及距离传感器。清理系统还包括用于检测水流大小的流速传感器。本发明可在航行的过程中进行清理，具有高效、省力、操作安全、适用范围广、制作方便、不会破坏船体的特点，节约能源，同时可有效提高清理效率，值得广泛推广应用。