本发明提供了一种药物组合物的筛选方法，包括以下步骤：步骤1)、获取目标疾病的第一模型及其相关通路的NES值；获取目标药物组合物，并获取所述目标药物组合物中各单一药物对第一模型及其相关通路的NES值；步骤2)、确定目标药物组合物对目标疾病的第一模型及其相关通路的第一通路逆转数据，根据所述第一通路逆转数据筛选得到药物组合物。本发明还提供了一种药物组合物的筛选系统和电子设备。本发明提供的方法利用生物医学相关知识和体外实验数据，基于单一药物对不同模型基因表达的影响作用大小，进行大量候选单一药物的组合评估和药物组合物的新药创制，不需要进行大量中药组分的基础研究，成本较低，结果更准确。