本发明公开了一种基于知识图谱的多任务药物筛选方法，包括：获取所有药物和所有化合物映射到知识图谱数据集后的实体映射表、所有药物的候选药物集合、以及预训练好的多任务预测模型，获取用户输入的问题，使用获取到的多任务预测模型对问题中的靶点x和候选药物集合进行预测，以获得药物概率分数表和化合物概率分数表，使用结果集成算法对获取的药物概率分数表和化合物概率分数表进行计算合并，并将合并后的概率分数表中的概率分数按照由大到小的方式进行排序，并从排序结果中选择排名前20个药物对应的实体作为筛选结果返回给用户。本发明能够解决现有基于知识图谱的预测模型无法考虑药物分子和蛋白质本身的特征的问题。