本发明提供一种药物分子筛选方法及系统，属于生物信息处理技术领域，包括：获取待筛选的药物分子；基于所述药物分子的分子式，获取分子定向信息描述符；其中，所述分子定向信息描述符为表征所述药物分子的分子键特征的多个一维向量组成；使用预先训练好的分类模型，对所述分子定向信息描述符进行处理，得到分子性质分类结果。本发明可以对分子进行灵活编码，且分子信息避免了循环采集，提高了分子描述的准确度；采取卷积神经网络结合自注意力模块处理分子描述符，提取了更多更全面的分子信息特征，提高了模型分类能力。