本发明公开了抗乳腺癌候选药物分子描述符的筛选方法、系统及终端，涉及医学数据挖掘技术领域，其技术方案要点是：获取多个化合物对ERα的生物活性数据，每个化合物配置有多个分子描述符，得到由分子描述符组成的自变量集；基于LASSO回归方法建立初步筛选模型，以初步筛选模型对自变量集进行降维处理，得到变量系数不为零的初筛变量集；基于随机森林递归特征消除法建立变量筛选模型，以变量筛选模型对初筛变量集对初筛变量集进行迭代特征选择，得到分类精度最高的最优特征变量组合。本发明能够较好的从大量数据中筛选出最具显著影响的分子描述符，具有效率高、可靠性强以及智能化实现等特点。