本发明公开一种药物分子性质预测分类方法及系统，包括：获取待测药物的分子图；对分子图分别进行分子描述符和分子指纹的特征提取，得到分子定向传递信息和摩根分子指纹信息；对分子定向传递信息和摩根分子指纹信息进行特征融合；根据融合特征采用训练后的分类模型得到药物的分子性质预测结果。提出一种针对不同规格的分子描述符和分子指纹信息的分类方法，采用两种不同规格的卷积神经网络分别对分子描述符和分子指纹进行特征提取；采用分子定向传递信息和摩根分子指纹信息的融合特征，更精确地识别药物分子性质，从而实现精确分类。