本公开提供了分子性质预测方法、装置及电子设备，涉及计算机技术领域，尤其涉及深度学习技术领域。具体实现方案为：根据目标分子的分子式，生成目标分子的二维分子图和三维分子图；针对二维分子图和三维分子图中每个边，聚合边所连接的两个原子的原子特征和边的边特征，得到边的新的边特征；针对二维分子图和三维分子图中每个原子，聚合连接于原子的各个边的边特征，得到原子的新的原子特征；根据各原子的原子特征，确定二维分子图的二维特征和三维分子图的三维特征，根据预设的特征与化学性质之间的映射关系，确定二维特征和三维特征对应的化学性质，作为目标分子的化学性质。可以更准确地对目标分子的分子性质进行预测。