本申请提供一种基于分子动力学模拟体系性质的计算方法、装置及介质，该方法包括：根据初始时刻的第一体系参数，计算所述体系在初始时刻的初始总能量；根据所述第一体系参数和求解所述初始设时刻的基态能量时的第一过程参数，计算所述体系在目标时刻的目标总能量；判断所述目标总能量与所述初始总能量的差值是否小于第一阈值；若所述目标总能量与所述初始总能量的差值不小于所述预设值，确定优化时刻；根据所述优化时刻，计算所述体系在优化时刻的基态能量；根据求解所述优化时刻的基态能量时的第二过程参数，计算所述体系在所述优化时刻的性质。本申请解决了相关技术中难以判断求解体系性质的精度是否达到要求的技术问题，提高了计算精度。