本发明公开了一种利用膜富集D‑阿洛酮糖3‑差向异构酶的方法及应用，其方法为将未灭酶的糖化液利用陶瓷膜进行除菌操作，压力控制为0.2~0.4MPa，过滤完成后，用水冲洗陶瓷膜；陶瓷膜处理后的透过液采用超滤膜进行超滤，压力为0.4~0.8MPa，超滤后用水冲洗陶瓷膜，收集浓相，即为回收得到的D‑阿洛酮糖3‑差向异构酶。本发明中未灭酶的糖化液经陶瓷膜和超滤膜处理，富集方法工艺简单、生产成本低，对未利用的D‑阿洛酮糖3‑差向异构酶进行了回收再利用，为功能糖制造企业提供了便利，节约了成本，具有广阔的经济效益、社会效益和较大的推广价值。