本发明涉及一种硫自养反硝化颗粒及其制备方法与应用，所述硫自养反硝化颗粒包括以下原料：硫自养反硝化菌液、生物硫磺、硫代硫酸钠、活性炭和包埋剂。制备的硫自养反硝化颗粒具有多孔结构、比表面积大，有利于硝酸盐的去除；本发明将硫自养反硝化菌液、生物硫磺、硫代硫酸钠和活性炭固定包埋，解决了硫自养反硝化工艺中生物硫磺难流化的难题，制备的硫自养反硝化颗粒可应用于流化床反应器，大大提高了反硝化速率，减小占地面积，同时提高了硫自养反硝化菌液的活性和抗水力冲击能力。