本发明提供一种超声三维重建方法及系统，涉及超声图像处理技术领域，包括：机械臂带动超声探头对一扫查对象的一目标器官区域进行扫查，并在超声探头的扫查过程中，记录每次扫查时超声探头的扫查位置数据、扫查方向矢量和对应的超声扫查图像；在目标器官区域扫查完成后，根据扫查得到的各扫查位置数据、各扫查方向矢量和各超声扫查图像进行超声三维重建得到目标器官区域的三维超声图像。有益效果是通过控制机械臂带动超声探头进行超声扫查，并自动进行超声图像的三维重建，无需人工参与，有效提升三维超声图像的精度；通过双目视觉设备实现目标器官区域的定位，结合超声探头的位置信息，实现自动控制机械臂带动超声探头进行超声扫查。