本申请公开了一种单病种质量监测方法、系统、设备及存储介质，所述方法包括：获得指定配置模型；根据所述指定配置模型确定指定源数据集和指定目标数据集；根据所述指定配置模型对应的指定配置指标对所述指定源数据集进行数据清洗和/或数据标准化处理，获得标准数据；确定所述指定源数据集和所述指定目标数据集之间的映射关系；根据所述映射关系将所述标准数据与所述指定目标数据集进行整合，获得目标整合数据集，应用本申请实施例提供的方法，能够自动化地完成单病种质量监测数据的采集和上报。