本申请公开了一种处方审核方法、系统及计算机存储介质，该处方审核方法包括：获取处方数据；响应于处方审核指令，基于预设审核条件对处方数据进行审核；在处方数据的审核结果为审核不通过时，将审核结果发送至医师端，以获取医师端对审核不通过的审核结果的第一确认信息；在第一确认信息为坚持使用处方数据时，则基于处方数据生成处方单。通过本申请的方法，使用处方审核系统对不合理处方进行拦截，减轻药师审核的负担；在处方审核系统审核不通过时，医师可以基于自身的行医经验或对患者病情的了解坚持使用处方，以提高处方的用药安全，提高处方审核的速度和质量。