本发明涉及一种SNaPshot多重分析系统的构建方法，包括多重PCR反应系统的构建、SNaPshot反应系统的构建、SNaPshot产物纯化系统构建、上机体系的构建以及结果分析；多重PCR反应系统的构建包括以下步骤：根据待测基因的SNP位点序列信息设计多重PCR引物，并确定各引物的最低退火温度，作为反应程序关键参数；采用基础单独PCR反应体系和程序、基础多重PCR反应体系和程序跑胶验证有无相应的条带被扩增；若单独PCR中有位点未被扩增，则重新设计该位点的多重PCR引物并重复上述操作；若单独PCR中位点均被扩增，则调整多重PCR反应体系和程序保证不同条带亮度一致。本发明通过建立快速简单的SNaPshot多重分析检测流程来检测SNP相关项目，检测效率高，成本低。