本发明涉及基于多要素分析的生态安全格局构建方法及其集成系统。所述方法基于生态安全要素基础数据库进行生态安全格局构建，所述生态安全格局包括水源涵养安全格局模块、洪水调蓄安全格局模块、沙漠化防治安全格局模块、水生态安全格局模块和生物多样性保护安全格局模块；所述系统设有一级构建模块、二级构建模块和生态安全格局要素数据库，其中二级构建模块分别用于构建各安全格局模块，一级构建模块在集成各安全格局模块的基础上，形成生态安全格局构建报告。本发明充分利用现有GIS技术及其他信息技术，引入多因素综合考量的科学理念和具体实施方法，实现了对多要素的精准评估，能够精准定位生态安全格局区域，形成生态安全格局构建报告。