本发明属于区域生态安全格局构建技术领域，公开了一种基于地理空间大数据的区域生态安全格局构建方法及系统，所述基于地理空间大数据的区域生态安全格局构建系统包括：生态数据采集模块、主控模块、计算模块、安全格局模型构建模块、安全格局分布图生成模块、评估模块、优化模块、显示模块。本发明利用评估模块将基础评价数据的负载结果和专项评价数据的负载结果中任一个指标超载或两个及以上指标临界超载的组合确定为超载类型，使得评估结果更具参考性，评估结果更准确；同时，利用优化模块提高了单纯区划的分辨率和准确性，形成切合实际、边界清晰、生态完整性与景观连通性较好的生态保护红线电子矢量图，为实地勘界提供参考，减少野外工作量。