本发明涉及一种基于水生态功能分区的健康河流生态系统构建方法，步骤为：基于目标流域DEM数据，通过ArcGIS水文模块确定目标流域内的各级河流及各级河流对应的流域，并将第i+1级河流流域作为第i级水生态功能分区的分区基本单位；获取第i+1级河流流域的自然地理驱动因子数据和分区表征指标数据；对目标流域内各第i+1级河流流域的自然地理驱动因子数据和分区表征指标数据进行聚类分析，得到第i级水生态功能分区上的分区；获取第i级水生态功能分区上各分区的流域生态健康指标数据，评价该第i级水生态功能分区上各分区的健康状况；基于各分区的健康状况及该分区对应的水生态功能分区级别制定不同级别的生态修复措施，构建健康河流生态系统。