本申请涉及了一种相对结合自由能贡献的确定方法、装置及存储介质。该相对结合自由能贡献的确定方法包括：基于多个耦合变量λ将模拟的分子变化过程分割为多个状态窗口；通过并行处理单元处理帧，以确定每个帧的状态能量的导数；确定状态窗口中各个状态能量的导数的平均值，作为状态窗口的窗口能量的导数；对每个窗口能量中被测单元与目标分子之间的能量项的导数进行积分，确定被测单元对相对结合自由能的贡献值。通过并行处理单元处理各个帧，并基于被测单元与目标分子之间的能量项的导数，可以快速得到单个被测单元对相对结合自由能的贡献。